Segue uma lista de procedimentos que pode ajudar a resolver seu problema.

1. Vá ao painel de controle>adicionar e remover programas e desinstalale o Windows Live Messenger.
2. Entre no na pasta "C:\Documents and Settings\USUÁRIO\Configurações locais\Dados de aplicativos\Microsoft\" apague as pastas que contenham o nome Windows Live 
3. Baixe e execute um programa chamdo ZapMessenger.exe, ele serve para limpar arquivos de instalação do Messenger.
4. Baixe e instale o Windows Install Clean Up, (para download pesquise no google), ele remove programa que são instalados pelo Windows Installer...
5. Execute o Windows Install Clean Up, e se houver na lista o Windows Live Messenger, selecione e clique em remove.
6. Clique em Iniciar>Executar, e digite regedit, dê um duplo clique na pasta "HKEY_CLASSES_ROOT",   dentro da pasta clique duas vezes na outra pasta "AppID", dentro desta pasta apague a pasta "{380689D0-AFAA-47E6-B80E-A33436FE314B}".... CUIDADO! NÃO APAGUE A PASTA ERRADA.
7. Faça o Download do messenger e instale novamente.